Hola Octavio
Debes de verificar que el nuevo y el viejo horario estén correctamente configurados, esto porque la función de tiempos que lee el periodo (PARTT me parece lee un día antes y un día después del periodo de nomina).
Ese horario que tenia el empleado anteriormente debe de ser valido y no haberse borrado o modificado (sin regenerarse nuevamente). En cualquier caso debes de crear una entrada nueva para aplicar tu nueva configuración a menos que quieras cambiar ese horario de manera definitiva para los demás empleados que pueden estar usándolo de cualquiera de las otras 3 prestadoras que mencionas (Y no olvidar regenerar los horarios).
Saludos Cordiales
Amilcar Caballero